Newick : regroupez les espèces apparentées entre parenthèses ; ajoutez :0.5 après un nom pour une longueur de branche. Ou listez simplement les espèces, une par ligne.
Collez une chaîne Newick ou listez simplement vos espèces une par ligne, et ce créateur d’arbre phylogénétique dessine un arbre évolutif propre dans votre navigateur : des nœuds pour les ancêtres communs, des extrémités pour les espèces, et une ligne de résumé indiquant combien d’espèces et de nœuds compte l’arbre. Passez à la vue par longueurs de branche pour voir la divergence à l’échelle, puis téléchargez le dessin en PNG, JPG ou SVG. C’est un générateur d’arbre phylogénétique pour les devoirs, les diapositives et les articles, sans compte ni installation.
Newick est le format texte que lit tout programme de phylogénétique. Les espèces qui partagent un ancêtre vont entre parenthèses, les groupes s’emboîtent dans les groupes, et un point-virgule termine l’arbre. (((Humain,Chimpanzé),Gorille),Orang-outan); dit que l’humain et le chimpanzé se sont séparés le plus récemment, que le gorille s’est détaché avant eux et l’orang-outan le plus tôt de tous. Les noms peuvent être entre guillemets ou utiliser des tirets bas pour les espaces, et une étiquette écrite après une parenthèse fermante nomme cet ancêtre.
Une simple liste est plus rapide quand vous ne connaissez que l’ordre de parenté. Tapez les espèces une par ligne, les plus proches parentes côte à côte, et l’outil apparie les voisines en un arbre équilibré. Cinq noms donnent un arbre à quatre nœuds ; la chaîne Newick générée apparaît sous la saisie pour que vous puissiez ajuster le regroupement à la main.
Ajoutez :0.6 après un nom ou un groupe pour donner une longueur à cette branche, mesurée en substitutions par site, en millions d’années ou dans l’unité de vos données. Quand chaque branche porte une longueur, le bouton Longueurs de branche apparaît au-dessus de l’arbre. Dans cette vue, chaque espèce se place à sa distance totale de la racine ; une extrémité loin à droite a donc plus changé, et deux extrémités alignées ont divergé pendant la même durée. Sans longueurs, l’arbre est un cladogramme : seul l’ordre des embranchements a un sens, et les extrémités s’alignent.
Un arbre à n espèces a n − 1 nœuds quand chaque séparation est en deux. Trois espèces ou plus accrochées à un même nœud, (A,B,C), forment une polytomie, une séparation non résolue que l’outil dessine en éventail.
L’arbre est dessiné en SVG, donc les téléchargements PNG et JPG sont rendus en double résolution pour les diapositives et les fiches, et le fichier SVG s’ouvre dans Inkscape ou Illustrator pour être retravaillé. Le bouton de partage copie un lien contenant le texte Newick, et le même arbre s’ouvre pour quiconque le suit. Pour un arbre qui montre les parentés sans aucune longueur, le créateur de cladogramme démarre avec un exemple classique de vertébrés.
Placez les espèces qui partagent un ancêtre commun entre parenthèses, séparez-les par des virgules et terminez par un point-virgule : ((Humain,Chimpanzé),Gorille); signifie que l'humain et le chimpanzé sont les plus proches et que le gorille les rejoint ensuite. Ajoutez deux-points et un nombre après un nom ou un groupe pour sa longueur de branche, comme Humain:0.6.
Un cladogramme ne montre que l'ordre des embranchements, donc toutes les extrémités s'alignent à droite. Un phylogramme dessine chaque branche à l'échelle de sa longueur, qui représente le temps ou la quantité de changement génétique. L'outil dessine un cladogramme par défaut et propose la vue par longueurs de branche quand chaque branche a une longueur.
Oui. Tapez une espèce par ligne et l'outil apparie les noms voisins en un arbre équilibré. Ordonnez la liste pour que les espèces à regrouper soient côte à côte, puis modifiez la chaîne Newick générée pour affiner l'embranchement.
Un point bleu est un nœud, l'ancêtre commun le plus récent de tout ce qui se trouve à sa droite. Un point vert est une extrémité, l'une des espèces que vous avez saisies. Toute étiquette écrite après une parenthèse fermante apparaît à côté de son nœud comme nom de groupe.
Choisissez PNG ou JPG pour les diapositives et les documents ou SVG pour l'édition dans un logiciel vectoriel, puis appuyez sur Télécharger. Le bouton de partage copie un lien qui contient le texte de l'arbre, si bien que le même arbre s'ouvre pour quiconque le suit.